שותפים היום ובעבר
עיריית בית-שמש
עמותת קרן שמש ועיריית בית-שמש הן שותפות אסטרטגיות העובדות בשיתוף פעולה מלא ותוך תכנון ויישום משותפים. הקרן והעירייה מוציאות לפועל את תוכנית "בית-שמש 2030", ממנפות את המנהלת העירונית לתעסוקה לחיזוק החוסן התעסוקתי של תושבי העיר, ומקדמות מגוון מיזמים בשלל תחומים, כמתואר באתר.
קרן טראמפ
קרן טראמפ הוקמה ב-2011 לשיפור מצוינות במתמטיקה ובמדעים בבית הספר בישראל. מטרתה להעניק הזדמנות שווה ולשפר את הישגי התלמידים בכל המגזרים, מתוך אמונה כי יכולות מתמטיות ומדעיות הן מפתח להצלחה, לחדשנות ולצמיחה כלכלית. בשנים 2011-2018 קרן בית-שמש וקרן טראמפ התמקדו בהגדלת מספר התלמידות והתלמידים במסלולי מצוינות במתמטיקה ובפיזיקה, שהוכחו כמפתח להצלחה עתידית.
גשרים למען השלום
קרן בית-שמש רואה בארגון "גשרים למען השלום" שותף אסטרטגי. בסיס הארגון הנוצרי בירושלים ומטרתו טיפוח קשרים בין נוצרים ליהודים באמצעות חינוך ופעולות בעלי אופי מעשי, המקרבות בין שני-האדם ומלמדות על אהבת האל וחסדו. מאז 1976, הארגון מקדם תקווה ופיוס בישראל ובעולם, ומציע לנוצרים ביטוי פעיל של נאמנות לישראל והקהילה היהודית. "גשרים למען השלום" משמש שותף מרכזי בתוכנית הקרן להעצמת ילדי וילדות בית-ספר, במסגרת הפרויקט "אמץ ילד".
פדרציית UJA – ניו יורק
בשנים 2023–2025 תמכה הפדרציה בפרויקט רכזי התעסוקה של הקרן – מיזם שנועד ללוות יחידים ומשפחות בתהליכי השתלבות בשוק העבודה, לחזק מיומנויות תעסוקתיות וליצור חיבורים ישירים להזדמנויות תעסוקה.